История "Зари" берет свое начало в 1964 году, когда луганская команда "Трудовые резервы" была передана под управление физкультурного коллектива местного тепловозостроительного завода. Созданная команда принимала участие в Первой лиге СССР и в 1966 году сумела выйти в Высшую лигу.

Постепенно "Заря" улучшала свои результаты, и если в дебютном сезоне заняла 16-е место из 19 команд, то в 1971 году луганчане финишировали четвертыми. В следующем сезоне "Заря" под руководством Германа Зонина досрочно завоевала золотые медали, став первой командой не из столицы союзной республики, выигравшей чемпионат СССР. Сезон 1972 года стал лучшим в истории луганского футбола. После этого "Заря" постепенно начала сдавать позиции, хотя и сумела два года подряд выйти в финал Кубка, где, впрочем, проигрывала киевскому "Динамо" и "Арарату". В 1979 году луганчане покинули Высшую лигу, после чего с переменным успехом выступали в Первой и Второй лигах.

После развала СССР команда выступала в Высшей лиги Украины под названием "Заря-МАЛС". Но в 1996 луганчане вылетели в низший дивизион и сумели вернуться в элиту лишь по итогам сезона 2005/2006. Лучшим результатом команд в чемпионатах Украины является 11-е место в 2007 и 2008 годах.

В настоящее время "Зарю" тренирует Юрий Вернидуб. В разные годы в Луганске выступали такие известные футболисты как Йожеф Сабо, Виктор Кузнецов, Владимир Онищенко, Сергей Морозов, Вячеслав Семенов, Анатолий Куксов, Александр Малишенко, Александр Ткачев, Александр Заваров, Игорь Гамула, Сергей Юран, Тимерлан Гусейнов и другие.